目标蛋白难洗脱

穿透组分中目标蛋白明显减少，而洗脱组分中目标蛋白很少，取少量磁珠加SDS-PAGE Loadding Buffer于95℃加热5~10min，离心跑电泳，如果发现较多蛋白残留。 （1）洗脱调节太温和。提高洗脱液咪唑浓度至700mM还不能洗脱时，可以尝试降低洗脱液pH至4.0，但低pH会也导致金属离子脱落，磁珠需要再生后再使用。 （2）蛋白吸附在磁珠上无法洗脱。对于非特异性疏水吸附的蛋白，可以增加NaCl浓度至1M，或添加0.1%~2%的Triton X-100。对于聚集沉淀在磁珠上的（尤其注意含有二硫键的蛋白），可以在洗脱缓冲液中加入6M盐酸胍进行变性洗脱。